Kereta api ini melanjutkan relasi yang pernah dilayani oleh kereta api (KA) Pandanaran, lalu KRD Purwosari-Pekalongan, dan terakhir KA Pandanwangi. Fasilitas Kereta KA Kalijaga merupakan kereta kelanjutan dari kereta api Joglosemar yang menggunakan rangkaian kereta api Bengawan, yang dapat membawa 7 gerbong kereta dengan daya tampung 636 penumpang.